Палаты бояр Романовых в Зарядье были возведены на рубеже XV–XVI веков, на земле, принадлежавшей гостям-сурожанам – представителям высшего слоя московского купечества. В 40-е годы XVI века палаты перешли к знатному боярину Никите Романовичу Юрьеву-Захарьину, семье которого они принадлежали по 1631 год. Этот род стал известен в истории как род бояр Романовых. С 1631 года палаты вошли в комплекс строений созданного здесь по указу царя Михаила Романова Знаменского монастыря. В XVIII веке монастырь сдавал строения вдоль Варварки арендаторам, которые перестраивали их соответственно своим нуждам.
В 1856 году бывшие палаты Романовых были выкуплены у монастыря в казну и в 1857–1859 годы здание было отреставрировано, и в нем открылся музей «Дом бояр Романовых». Реставрация палат была одной из первых архитектурных реставраций в России.
Идея восстановления палат в их первоначальном облике и создания в них музея, посвященного первым Романовым, была выдвинута императором Александром II. Целью этих мероприятий становилось решения вопроса о принадлежности палат Романовым и сбордоказательств того, что именно в здесь родился первый царь династии – Михаил Федорович Романов. Палаты восстанавливались как древняя гражданская постройка, имевшая историческое и мемориальное значение.
В период с 1984 по 1991 год проводились серьезные реставрационные работы палат, задачей которых было восстановление в нижних этажах архитектуры XVI века с максимальным раскрытием подлинных деталей, показом белокаменных и кирпичных кладок, а в парадном этаже и тереме –восстановление всех детали реставрации середины XIX века. Сравнение чертежей обмеров Ф.Ф. Рихтера, особенно планов этажей здания с данными того, что сохранилось и было выполнено, с тем, что обнаружили при новом обследовании памятника, убедительно показало, что архитектор верно восстанавливал архитектуру палат.